在臨床應用中，人們對西藥的配伍禁忌比較重視，而對中藥（包括某些中成藥）與西藥配伍的禁忌未引起足夠的重視。 物理性配伍禁忌兩種或兩種以上西藥與中藥配伍時常會引起物理變化。如在服用龍膽酊等苦味健胃藥時，不能同服蜂蜜、大棗、甘草等甜味中藥。因其甜味可掩蓋苦味，從而減少苦對味覺神經末梢的刺激，降低其健胃的作用。
化學性配伍禁忌
地榆、石榴皮、五倍子、側柏葉等中藥含有大量鞣質，其與酶制劑同用時，由於酶制劑含蛋白質，其結構中的酰胺鍵或肽鍵可與鞣質形成牢固的氫鍵締合物而致性質改變，療效降低。
含鞣質的中藥亦不可與含金屬離子的制劑、生物鹼類藥配伍，因它們可在消化道內形成難吸收的沉澱而影響療效。
含金屬離子的中草藥或中成藥，如復方羅布麻片，牛黃解毒片、牡蛎(含鈣)、磁石(含鐵)、滑石粉(含鎂)、明礬(含鉛)等，不可與四環素類藥物聯用，因後者的分子結構中含酰胺基和多個酚羟基，能與重金屬離子形成螯合物而影響吸收、降低療效。
朱砂安神丸不能與碘化鉀同服。因朱砂含硫化汞，在腸道內與碘化物發生作用，生成刺激性很強的碘化汞，形成赤痢樣的大便，導致醫源性腸炎。
藥理性配伍禁忌
羅布麻、人參等中草藥含強心甙，故不能與西藥強心甙類藥配伍，以防強心甙中毒。
牛黃或含牛黃的中成藥，可增加水合氯醛、嗎啡、苯巴比妥等西藥的中樞抑制作用，故不宜相互配伍使用。
臨床上使用碘胺類藥物，同時服用碳酸氫鈉等藥物的目的是鹼化尿液，防止磺胺代謝產物在尿中析出沉澱。當磺胺藥與含有機酸的中草藥加烏梅、山茱萸及中藥糖漿劑配伍時，由於有機酸對抗碳酸氫鈉的鹼化尿液的作用，從而增加了碘胺藥對腎髒的損害。
